飛秒全激光是一種近紅外光，每次激光脈沖發射的時間極短，達10-15 秒，可以將激光行進的距離控制在微米級水平，通過醫生將數據輸入電腦，控制激光精確定向和精確定位；激光脈沖聚焦到角膜組織中，發生光爆破從而產生微粒子蒸發角膜組織，產生水與CO2分離角膜。

飛秒全激光制作角膜瓣，整個過程完全由計算機程序控制，精確到微米級，其精密度是金屬板層刀的100倍。傳統的金屬板層刀制瓣時，以巨大的負壓吸住眼球，依賴眼球的變形進行切削，金屬刀片切削的角膜瓣中央薄四周厚，且邊緣菲薄，瓣復位后容易滑動、移位。

與之相比，飛秒全激光制瓣時，可采用純平制瓣技術保證瓣的厚度均勻一致，靈活設定角膜瓣的厚度、直徑、形狀、角膜瓣蒂的位置和蒂的寬度，基質床光滑細膩，瓣復位后貼合密實，不容易移位。飛秒全激光制作角膜瓣，整個過程完全由計算機程序控制，精確到微米級，其精密度是金屬板層刀的100倍。

傳統的金屬板層刀制瓣時，以巨大的負壓吸住眼球，依賴眼球的變形進行切削，金屬刀片切削的角膜瓣中央薄四周厚，且邊緣菲薄，瓣復位后容易滑動、移位。與之相比，飛秒全激光制瓣時，可采用純平制瓣技術保證瓣的厚度均勻一致，靈活設定角膜瓣的厚度、直徑、形狀、角膜瓣蒂的位置和蒂的寬度，基質床光滑細膩，瓣復位后貼合密實，不容易移位。

飛秒全激光有著相當的精確定向性和定位性：“飛秒全激光”手術的原理有兩個，一個是光傳輸原理，一個是光爆破原理。

光傳輸原理：手術前，醫生將患者的基本信息和手術數據輸入電腦。手術中醫生操作“飛秒全激光”機，用壓平錐鏡將角膜壓平，保持激光頭到角膜組織中激光聚焦點的精確距離。飛秒全激光機按照醫生設定的模式傳輸激光脈沖,在眼角膜上進行各種靶向切削。

其次、飛秒全激光的光爆破原理：激光脈沖聚焦到角膜組織中，產生光爆破;每一個脈沖的光爆破，產生一個微離子；每一個微離子，蒸發大約1微米的眼角膜組織;蒸發眼角膜組織產生擴展的水泡和CO2氣泡，水泡和氣泡被眼角膜組織吸收，眼角膜組織因此被分離。

電腦控制的光學傳輸系統產生成千上萬的飛秒激光脈沖， 這些脈沖按照密集的等寬度等間距的籬笆墻式的光柵模式，在同一深度聚焦產生光爆破，在眼角膜組織中形成一層微小直徑的氣泡，使眼角膜組織分離，形成飛秒激光的切削面。LASIK激光手術中制作眼角膜瓣就是運用的這種切削模式形成水平的分離面和垂直面。

飛秒全激光脈沖還可以在角膜組織中進行任何角度和任何范圍的堆砌聚焦，形成角度不同，范圍不同的組織分離，所以，飛秒全激光可以在角膜移植手術中對眼角膜進行片狀切削，制作精美的植片和角膜瓣。